Créé en 1635 sous Louis XIII, le Jardin royal des plantes médicinales prendra en 1739 le nom de Jardin du Roy, puis celui de Muséum d'histoire naturelle après la Révolution. En opposition à la Faculté de médecine, on y enseigne l'anatomie et la chimie. Le grand terrain au bas de la Montagne Sainte-Geneviève est destiné à la botanique. L'enrichissement des collections animales et végétales et leur présentation au public font également partie des activités du Jardin. Dés la fin du XIX ème siècle, le Muséum va s'ouvrir à la recherche expérimentale en laboratoire, sous l'influence de chimistes placés à sa tête.
Citons quelques-uns des grands scientifiques qui ont travaillé dans ces murs : Buffon, Cuvier, Lamarck, Claude Bernard, Chevreul, et la dynastie des Becquerel.